出血性腦中風為國內重大死因之一，其中出血血量、部位、是否引發腦水腫、水腦，進而導致腦壓升高，是決定出血性腦中風病人預後的重要因素。即時正確的診斷並進行開顱手術，可有效改善病人預後。開顱手術是依照出血部位和深度來判斷，部分病人以3-4公分的頭部傷口進行微創手術，並透過腦內視鏡，減少手術中腦部周圍組織的破壞，不僅縮短手術時間，也減少手術失血量。
外科部郭律廷主任表示，臺大醫院雲林分院於2008年9月進行臺大體系第一台出血性腦中風的微創手術，以3公分長的傷口，成功清除40 cc的腦內出血，透過置放顱內壓監測器，密切監控腦壓，加上術後的照護及復健治療，使病人恢復良好。其他適合微創手術的個案，本院皆以相同技術讓患者得到最好的治療。隨著體系內醫師的調動，微創技術在臺北總院和新竹分院都已陸續進行，至今完成近500台微創腦中風手術。此技術及在地治療的成果也發表於2011年知名國際期刊Neurosurgical Focus (影響因子 4.332)，截至2023年1月為止，被其它研究論文引用超過100次。
臺大神經外科團隊在國際期刊發表超過10篇文章，其中最新一篇刊登於Nutrients (影響因子 6.706)，探討中風後營養因子和存活的相關性。
神經外科陳元森主任表示，臺大醫院雲林分院於2017年8月1日整合神經內外科、小兒神經科、神經放射科及復健科等專科，成立神經醫學中心，透過跨科合作讓患者得到完善的整合性照顧，使出血性腦中風的病人術後能得到最佳的恢復機會。除了院內整合外，也和國立雲林科技大學合作研究，以神經科學相關專題進行深入探討分析。
外科部郭律廷主任表示，由於掌握時效對出血性腦中風非常重要，在衛福部補助及院內大力支持下，本院神經外科正在推動以人工智慧軟體協助判讀病人在電腦斷層後的出血特徵，即時提供急診醫師顱內出血位置、大小、腦中線偏移、是否有腦室內出血等資訊，提升照會神經外科的時效。未來若能成功驗證此軟體的實用性，將有機會運用在醫療資源缺乏的地區，特別是沒有神經外科醫師值班的醫院，結合病人臨床意識狀態，提供臨床綜合嚴重度計分；這些重要資訊能幫助急診醫師與接受轉診醫院之神經外科醫師有效溝通，同時依手術的緊急程度，使接受轉診醫院及早準備手術室，讓病人及早接受手術，改善預後。
馬惠明院長表示，臺大醫院雲林分院是出血性腦中風微創手術的起點，之後蓬勃發展，已有15年的臨床與研究。未來期望藉由多方面資源整合與創新研究成果，讓臺大醫院雲林分院成為雲林強大的後盾，也提升區域醫療的效率，讓患者得到最完善的照顧。